Les données sont encore limitées dans ce domaine, mais des probiotiques comme Lactobacillus casei ou Bifidobacterium infantis ont fait l’objet d’études avec des résultats prometteurs sur certains symptômes du syndrome de la fatigue chronique (ou encéphalomyélite myalgique). Si la fatigue est plutôt causée par à du stress ou un manque de sommeil, d’autres probiotiques comme Lactobacillus plantarum peuvent être utilisés compte tenu de ses effets sur l’axe intestin-cerveau. Selon les cas, la prise de probiotiques s’inscrit dans une prise en charge plus globale de la fatigue, pour s’assurer notamment que certains besoins nutritionnels sont bien couverts (ex : vitamine C et fer), pour mettre en place un mode de vie et des solutions anti-stress…

Cet article a été mis à jour le 02/12/2025

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Les probiotiques les plus étudiés contre la fatigue

En cas de fatigue chronique (encéphalomyélite myalgique)

D’après les connaissances sur cette pathologie, les probiotiques pourraient contribuer à rétablir l’équilibre du microbiote qui est perturbé chez les personnes attentes d’encéphalomyélite myalgique ou syndrome de fatigue chronique (EM/SFC).  Les résultats dans ce domaine sont encore limités, mais l'administration de Lactobacillus casei Shirota (ou Lacticaseibacilllus casei) chez des patients atteints du SFC, pendant 8 semaines, a permis de réduire l'anxiété.

Par ailleurs, un traitement à base de Bifidobacterium longum infantis 35624 a réduit les biomarqueurs inflammatoires. Enfin, une étude avec un mélange de probiotiques (Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus paracasei (ou Lacticaseibacillusparacasei subsp. Paracasei) et Bifidobacterium animalis lactis) a donné des résultats encourageants pour des personnes atteintes de SFC. Des recherches supplémentaires, axées sur d’autres symptômes de cette pathologie, sont encore nécessaires.

Pour limiter la fatigue liée au stress

De plus en plus de recherches montrent que certains probiotiques peuvent influencer la régulation du stress et de l’anxiété, ou des troubles du sommeil en agissant à plusieurs niveaux de l’axe intestin-cerveau : régulation du cortisol (« hormone du stress »), production de neurotransmetteurs comme la sérotonine (« hormone du bonheur » régulatrice des émotions et de l’appétit), la mélatonine (« hormone du sommeil ») ou le GABA (« tranquillisant naturel »). En complément d’autres approches, ils peuvent ainsi contribuer à limiter la fatigue causée par le stress ou le manque de sommeil.

Un risque de fatigue lié à la prise de probiotiques ?

Par définition, les probiotiques sont des micro-organismes vivants (bactéries, levures…) exerçant un effet bénéfique sur l'organisme qui les ingère. Certaines sources mentionnent cependant que la prise de probiotiques, par une action de « détoxification », pourraient être à l’origine d’une fatigue temporaire. Il ne s’agit pour le moment que de théories, sans études scientifiques permettant de confirmer ce risque. Les données actuelles vont davantage en faveur d’effets positifs sur le système immunitaire ou la régulation de l’inflammation qui peuvent contribuer, au contraire, à réduire la fatigue.

Comment les utiliser ?

Associations de probiotiques conseillée
  • En cas du syndrome de fatigue chronique (SFC/EM) : Lactobacillus casei et Bifidobacterium infantis. Sinon, l’association : Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus paracasei et Bifidobacterium lactis.
  • En cas de stress et d’anxiété : commencer avec Lactobacillus plantarum et Bifidobacterium longum. Si nécessaire, ajouter : Lactococcus lactis ou Lactobacillus brevis.
  • En cas de troubles du sommeil : commencer avec Lactobacillus plantarum et Lactobacillus reuteri. Ajouter Si nécessaire : Lactobacillus brevis ou Bifidobacterium breve.
Par voie orale
  • Sous forme de gélule gastro-résistante, prendre 10 à 15 milliards d’UFC (Unités Formant Colonies) de chaque souche par jour.
  • À prendre le matin à jeun ou 30 minutes avant le déjeuner avec un grand verre d’eau.
  • En cure de 2 à 3 mois minimum pour rééquilibrer durablement le microbiote intestinal. Pas d’utilisation prolongée sans avis médical.

Il est également recommandé d’introduire progressivement davantage de fibres prébiotiques dans son alimentation (nourriture des probiotiques), dans l’optique de limiter les ballonnements et de favoriser l’implantation ainsi que le développement des souches de probiotiques.

Critères de qualité
  • Souches de probiotiques clairement identifiées et déposées dans une Biobanque : le produit doit indiquer clairement le genre, l’espèce et la souche de chaque probiotique. Par exemple, "Lactobacillus (genre) casei (espèce) BIO5773 (souche) déposée à l’institut Pasteur sous la référence CNCM I- 5094".
  • Gélule gastro-résistante : il est préférable que les souches soient conditionnées dans des gélules gastro-résistantes pour limiter l’impact de l’acidité gastrique.
  • Titrage en UFC : la quantité de probiotiques doit être clairement précisée en UFC (Unités Formant Colonie) par gramme et par gélule.
Précautions d’emploi
  • En tant que compléments alimentaires, les probiotiques doivent être utilisés dans le cadre d’un mode de vie sain et ne pas être utilisés comme substituts d’un régime alimentaire varié et équilibré.
  • Ne pas dépasser la dose journalière conseillée.
  • Déconseillé aux enfants de moins de 6 ans et tenir hors de la portée des jeunes enfants.
  • Demander conseil à un professionnel de santé avant utilisation pour les femmes enceintes ou allaitantes, ainsi que pour les personnes immunodéprimées.
  • À conserver dans un endroit sec, à l’abri de la lumière et de la chaleur.

Autres extraits naturels complémentaires en cas de fatigue

Toute fatigue anormale ou répétée nécessite un avis médical et un bilan de santé pour en identifier la cause. Selon les cas, plusieurs solutions naturelles ou micronutritionnelles pourront aider à se sentir moins fatigué :

  • Couvrir ses besoins en vitamine C : la vitamine C contribue au bon fonctionnement du métabolisme énergétique et à réduire la fatigue. Les sources alimentaires sont nombreuses (fruits et légumes frais, Acérola…) mais il peut être nécessaire de se complémenter pour maintenir un apport optimal. Il est alors conseillé de privilégier la vitamine C sous forme liposomale pour bénéficier d’une biodisponibilité et d’une stabilité supérieures.
  • Ne pas être déficitaire en fer : une anémie par carence en fer peut être associée à de la fatigue, des essoufflements, des maux de tête... Selon la cause (saignement visible ou invisible, régime alimentaire inadapté...), une complémentation pourra être recommandée. La forme bisglycinate de fer est celle qui permet une assimilation et une tolérance digestive optimales du fer.
  • L’huile essentielle d’Épinette Noire : en cas de fatigue passagère, l’Épinette Noire est la référence en aromathérapie par son effet « cortison-like ». Elle peut s’utiliser seule ou en synergie avec d’autres huiles essentielles tonifiantes contre la fatigue.
  • Les plantes adaptogènes : la Rhodiole (Rhodiola rosea), seule ou en association avec le Ginseng (Panax ginseng), est connue pour sa capacité à améliorer et soutenir les performances physiques, psychique et copgnitives, notamment pour s’adapter en situation de stress. Ces propriétés justifient aussi leur indication en cas de syndrome de fatigue chronique, d’état d’épuisement (burn out)…
  • La Passiflore : compte tenu de ses propriétés anxiolytiques, sédatives et antispasmodiques, la Passiflore (Passiflora incarnata) est souvent utilisée pour limiter les effets du stress, l’anxiété ou les troubles du sommeil. Des experts en phytothérapie la conseillent aussi en cas de syndrome de la fatigue chronique.

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Bibliographie

Publication : Roman, P., Carrillo-Trabalón, F., Sánchez-Labraca, N., Cañadas, F., Estévez, A.F., & Cardona, D. (2018). Are probiotic treatments useful on fibromyalgia syndrome or chronic fatigue syndrome patients? A systematic review. Beneficial Microbes, 9(4), 603-612. https://doi.org/10.3920/BM2017.0125

Publication : König, R. S., Albrich, W. C., Kahlert, C. R., Bahr, L. S., Löber, U., Vernazza, P., ... & Forslund, S. K. (2022). The gut microbiome in myalgic encephalomyelitis (ME)/chronic fatigue syndrome (CFS). Frontiers in immunology, 12, 628741.

Publication : Jurek, J. M., & Castro-Marrero, J. (2024). A narrative review on gut microbiome disturbances and microbial preparations in myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome: implications for long COVID. Nutrients, 16(11), 1545.

Ouvrage : Dr Daniel Sincholle (2023). Super microbiote, Le guide complet des prébiotiques et des probiotiques. Editions Thierry Souccar.

Ouvrage : Dr William Berrebi (2024). Médecine micro-biotique, votre nouvelle ordonnance pour être en bonne santé. Poche Marabout. Poche santé.

Ouvrage : Gomez, P. F. J. (2016). L’intestin notre deuxième cerveau. Marabout.

Ouvrage : Lorrain, E. (2019). Grand manuel de phytothérapie

Ouvrage : Couic Marinier, F., & Touboul, A. (2017). Le guide Terre vivante des huiles essentielles. Terre Vivante Editions.

Ouvrage : Coudron C. & Pourrias B. (2014). Guides des ordonnances de nutrition. Editions de Santé.

Site Web : WikiPhyto, l’encyclopédie de la phytothérapie. (s. d.). à l’adresse http://www.wikiphyto.org/wiki/Accueil

Site Web : ANSES. Actualisation des repères du PNNS : révision des repères de consommations alimentaires. Rapport d’expertise collective. 2016.